Afhankelijk van de grondstoffen duurt deze fase minimaal 3 tot zelfs 18 dagen. De belangrijkste doelen in deze fase zijn:
Na deze fase wordt de compost “fase I-compost” of “verse compost” genoemd (vroeger ook wel “groene compost”).
De compost wordt in een afgesloten ruimte gevuld. De afgesloten ruimte bestaat uit een roostervloer, waarop de compost ligt. Door deze vloer wordt geconditioneerde lucht geblazen. De ruimte waarin de compost wordt gevuld, heet een tunnel. Het eerste deel bestaat uit het pasteuriseren, dit is het ziekte vrij maken van de compost, tijdens het tweede proces in deze fase II wordt de compost geconditioneerd, waarbij de ammoniak uit de compost wordt omgezet. Na deze fase wordt de compost “fase II-compost” of “entbare compost” genoemd.
Na fase II, wordt de compost uit de tunnel gehaald en gemengd met broed. Broed bestaat uit speciaal geprepareerde graankorrels wat doorgroeit met het champignonmycelium. Vanaf het broed groeit het mycelium door de compost heen. Dit proces duurt minimaal 14 tot 18 dagen. Aan het einde van deze fase wordt de compost “fase III-compost” of “doorgroeide compost” genoemd. Deze fase vindt zowel bij het tunnel bedrijf plaats waar ook fase II wordt uitgevoerd, en bij de productie kwekerij. In Nederland en de meer ontwikkelde champignon landen vindt deze fase plaats bij het compost bedrijf.