Abhängig von den Rohmaterialien dauert diese Phase mindestens 3 bis sogar 18 Tage. Die wichtigsten Aufgaben in dieser Phase sind:
Nach dieser Phase wird der Kompost als „Phase I-Kompost” oder „frischer Kompost” bezeichnet (früher auch als „grüner Kompost”).
Der Kompost wird in einen abgeschlossenen Raum eingefüllt. Der abgeschlossene Raum besteht aus einem Gitterboden, auf dem der Kompost liegt. Durch diesen Boden wird konditionierte Luft geblasen. Der Raum, in den der Kompost gefüllt wird, wird Tunnel genannt. Der erste Teil besteht aus Pasteurisieren, d.h. der Kompost wird von Krankheiten befreit, während des zweiten Prozesses in dieser Phase II wird der Kompost konditioniert, wobei das Ammoniak aus dem Kompost freigesetzt wird. Nach dieser Phase wird der Kompost als „Phase II-Kompost“ oder „Laich-Kompost“ bezeichnet.
Nach Phase II wird der Kompost aus dem Tunnel geholt und mit Laich gemischt. Laich besteht aus speziell präparierten Getreidekörnern, die mit dem Champignonmyzel weiterwachsen. Vom Laich aus verbreitet sich das Myzel durch den Kompost. Dieser Prozess dauert mindestens 14 bis 18 Tage. Am Ende dieser Phase wird der Kompost als „Phase III-Kompost“ oder „durchwachsener Kompost“ bezeichnet. Diese Phase findet sowohl beim Tunnelbetrieb, wo auch Phase II durchgeführt wird, als auch beim Herstellerzuchtbetrieb statt. In den Niederlanden und den weiter entwickelten Champignonländern findet diese Phase im Kompostbetrieb statt.